Nach dem Studium der Geschichte, Judaistik und Islamwissenschaft in Wien und Berlin war Sophie Wagenhofer fünf Jahre wissenschaftliche Mitarbeiterin am Leibniz Zentrum Moderner Orient sowie an der Humboldt-Universität. Seit 2013 arbeitet sie im Wissenschaftsverlag De Gruyter, wo sie nach verschiedenen Stationen 2022 die Leitung der Abteilung für Geschichte und Bibliotheks- und Informationswissenschaft übernommen hat.