Musikwissenschaft befasst sich mit der Geschichte, Ästhetik und Theorie der Musik, mit ihren Entstehungs-und Wirkungsbedingungen. Musik wird dabei nicht nur in ihrer ästhetischen Dimension als Artefakt untersucht. Vielmehr fragt Musikwissenschaft darüber hinaus nach den Werten, Wissensformen und Praktiken, die diesen ästhetischen Urteilen, der Kanonbildung sowie den Aufführungs- und Hörkonventionen zu Grunde liegen. Musik entsteht in einem Netz musikkulturellen Handelns. Diese Verflechtungen von Fördern, Komponieren, Aufführen, Aufzeichnen, Erinnern bzw. Kanonisieren sind Gegenstand von Forschung und Lehre an der FU. Musikwissenschaft an der FU versteht sich als Schnittstelle zwischen Musik-,Theater, und Kulturwissenschaft und schließt musikhistorische bzw. -theoretische Forschungsansätze ebenso ein wie Ansätze der theater- und kulturwissenschaftlichen Performanzforschung und der musikwissenschaftlichen bzw. kulturwissenschaftlichen Forschung der Sound Studies. Zum Gegenstandsfeld gehören musikalische Aufführungen aller Gattungen, allen voran des Musiktheaters aber auch der Instrumental- und Vokalmusik, musikalische Performances in anderen medialen Zusammenhängen (Radio, Film, Internet etc.) sowie auch alle anderen Klangkulturen der modernen, globalen Gesellschaft.

Derzeit können musikwissenschaftliche Lehrveranstaltungen innerhalb der BA/MA Studiengänge Theater-, Tanz-, Film-, Kultur- und Medienwissenschaft belegt werden. Ein MA Studiengang Musikwissenschaft ist in Vorbereitung.